Во времена Реформации большая часть современной Греции и земель, населенных этническими греками, находилась под властью Османской империи. Центром духовной жизни народа продолжал оставаться Константинополь, где располагалась кафедра православного патриарха. Стремясь установить контакты с греческими христианами, часть реформаторов, прежде всего ближайший сподвижник Лютера Филипп Меланхтон, начали переписку с Константинопольским патриархом Иосафом II. Меланхтон прислал ему текст Аугсбургского вероисповедания и личное письмо, но ответа на него не последовало, возможно, потому, что греки не хотели портить отношения с лютеранами.
Вторую попытку связаться уже с другим патриархом, Иеремией II, предприняли богословы из города Тюбинген. Отправленное ими снова Аугсбургское вероисповедание было раскритиковано греческими богословами. Ответ патриарха Иеремии II на Аугсбургское вероисповедание, написанный в 1576 году, стал самым ранним и одним из самых важных документов лютеранско-православного диалога. Завязавшаяся в итоге переписка не привела к сближению, и две церкви остались на своих позициях.
Самым известным греком, принявшим, хотя и ненадолго, лютеранство, был наемник и авантюрист Якоб Геракли. Он родился на острове Мальта в католической семье, путешествовал по Европе, получая образование в разных университетах. В 1556 году Гераклид оказался в Виттенберге, где принял лютеранство. Он произвел впечатление на Меланхтона, который описывал его как «честного и эрудированного человека». Позже он оказался в Польше, где пытался объединить разрозненные протестансткие церкви, в результате чего перешел сначала в кальвинизм, а затем и антитринитарианство. В 1561 году он, в результате политической авантюры, захватил власть над Молдавским княжеством, но уже через два года был свергнут и убит, получив от молдаван нелестное прозвище «Деспот Водэ».
После долгих веков Османского господства и кровопролитной войны за независимость, в 1823 году было создано Греческое королевство, со столицей в Афинах. Королем был избран принц Баварского королевского дома Отто, чьей женой была Амалия Ольденбургская, продолжавшая исповедовать лютеранство при муже-католике, что всем было известно. Чета привлекла в Грецию других немцев, и в 1837 году, в Афинах, была основана первая немецкоязычная лютеранская церковь. У Отто и Амалии не было детей, из-за чего разразился династический кризис, в результате которого новым королем Греции в 1863 году стал Георг I из датской ветви династии Глюксбургов. Он также до конца жизни частным образом исповедовал лютеранство, хотя был женат на Ольге Константиновне Романовой, внучке Российского императора Николая I, а их сын, король Константин I, был воспитан уже в православной вере.
В 1895 году в Салониках была открыта вторая лютеранская церковь в Греции. Церкви в Афинах и Салониках, а также открывшиеся уже в ХХ веке церкви на Родосе и Крите, сейчас составляют Немецкоговорящую Евангелическую Церковь Греции. Это объединенная церковь, которая служит и лютеранам, и реформатам. В Афинах находится община Церкви Швеции, а также межконфессиональные англоязычные Международная церковь Святого Андрея и Международное христианское сообщество, которые связаны с Евангелическо-Лютеранской Церковью Америки.
Среди собственно греков лютеранство широкого распространения не получило, в отличии от пресвитерианства, которое в XIX веке начали проповедовать миссионеры греческого происхождения на Балканах и в Малой Азии. На сегодняшний день Греческая Евангелическая Церковь насчитывает 30 общин и 5000 человек. Она входит в Лейенбергское соглашение и находится в сопричастии с лютеранскими церквями Европы.