5 июля 2023 года НЕЛЦУ официально стала членом Сообщества Протестантских Церквей Европы. Соответствующее соглашение подписали епископ Павел Шварц и президент Синода Александр Гросс со стороны Церкви, и президент Джон Брэдбери и генеральный секретарь Марио Фишер со стороны Сообщества во время торжественного собрания лидеров церквей-членов СПЦЕ в Вене. С этого момента НЕЛЦУ стала 111-м подписантом Лейенбергского соглашения, 50-летие подписания которого отмечается в этом году. Соглашение устанавливает единство кафедры и алтаря между лютеранскими, реформатскими, методистскими и объединенными церквями Европы и Южной Америки, членами которых являются более 50 миллионов верующих.
НЕЛЦУ долгое время участвовала в деятельности сообщества как член лютеранских объединений бывшего СССР, последним из которых был Союз ЕЛЦ, созданный в 2015 году, уже как объединение независимых Церквей Украины, Грузии, Кыргызстана, Казахстана и России. В 2019 году Синод Церкви решил начать процесс обретения индивидуального членства. В мае 2022 года заявка была направлена и согласована Советом СПЦЕ 28 сентября. Процесс завершился подписанием соглашения.
Церковь взяла на себя обязательство реализовывать церковную общность с другими подписантами Соглашения, активно участвовать в деятельности Юго-Восточной региональной группы СПЦЕ и платить членские взносы. Со своей стороны, Сообщество предоставило НЕЛЦУ место в Генеральной Ассамблее и обязалось регулярно информировать о своей деятельности.