5 липня 2023 року НЄЛЦУ офіційно стала членом Спільноти Протестантських Церков Європи. Відповідну угоду підписали єпископ Павло Шварц та президент Синоду Олександр Гросс з боку церкви та президент Джон Бредбері та генеральний секретар Маріо Фішер з боку спільноти під час урочистих зборів лідерів церков-членів СПЦЄ у Відні. З цього моменту НЄЛЦУ стала 111-м підписантом Льойєнберзької угоди, 50-річчя підписання якої відзначається цього року. Угода встановлює єдність кафедри та олтарю між лютеранськими, реформатськими, методистськими та об’єднаними церквами Європи та Південної Америки, членами яких є 50 мільйонів віруючих.
НЄЛЦУ довгий час брала участь в діяльності спільноти як член лютеранських об’єднань колишнього СРСР, останнім з яких був Союз ЄЛЦ, створений у 2015 році, вже як об’єднання незалежних Церков України, Грузії, Киргизстана, Казахстану та Росії. В 2019 році Синод Церкви вирішив розпочати процес надбання індивідуального членства. В травні 2022 року заявка була надіслана та узгоджена Радою СПЦЄ 28 вересня. Процес завершився підписанням угоди.
Церква взяла на себе зобов’язання впроваджувати церковну спільнотe з іншими підписантами yгоди, брати активну участь в діяльності Південно-Східної регіональної групи СПЦЄ та сплачувати членські внески. Зі свого боку Спільнота надала НЄЛЦУ місце в Генеральній Асамблеї та зобов’язалася регулярно інформувати про свою діяльність.