Как и другие страны Балканского полуострова, Болгария, находившаяся под властью Османской империи до 1878 года, оказалась в стороне от процессов Реформации. В истории сохранилось упоминание лишь об одном болгарине, принявшем протестантизм в эту эпоху. Им стал Димитар Мизец — болгарский ученый, родившийся около 1518 года. Он говорил на нескольких языках и служил секретарем Константинопольского Патриарха Иоасафа II. Патриарх послал его в Виттенберг, чтобы из первых рук изучить, что такое протестантизм, но, Димитар Мизец принял реформаторское учение и стал убежденным протестантом. Естественно, после этого он покинул служение при патриархе. Сохранились сведения, что Димитар Мизец лично встречался и вел переговоры с императором Максимилианом II о военной помощи на Балканах в борьбе с турками-османами.
В XVI веке некоторое количество болгар переселились в Трансильванию, где они перешли в лютеранство под влиянием местных немцев. Известно, что болгары были членами лютеранских приходов в селах Чергеу-Маре, Чергеу-Мик, Русчори и Бунгард. К середине ХХ века большинство из них утратило этническую идентичность, и влияния на территории Болгарии эти общины не оказали.
Начало протестантской деятельности в Болгарии относится к 1857 году, когда в Болгарию прибыли американские миссионеры Уэсли Претиман, Альберт Лонг, Сайрус Хэмлин и Чарльз Морс. Их намерение состояло в том, чтобы помочь Православной Церкви просвещать болгарский народ об истинах Святого Писания, и интегрировать ее в европейскую культуру и распространять Евангелия на болгарском языке, то есть помочь Болгарии пройти свой путь Реформации. Но эта инициатива не нашла понимания в среде православного духовенства, и миссионерам пришлось создавать независимые болгарские протестантские церковные общества.
Методистские миссионеры действовали в основном на севере Болгарии, а конгргационалистские – на юге. Это два пиетистских протестантских течения вышедших из Церкви Англии, а затем распространившихся в США и других странах. Болгарские протестанты пережили серьезные гонения коммунистического режима, но сумели сохранить свою веру и начать активную миссию после его падения.
Болгарские методисты входят в Центральную конференцию Центральной и Южной Европы Объединенной Методистской Церкви. Эта конференция состоит в общении с лютеранами и реформатами Европы, подписавшими Лейенбергское соглашение. В Болгариидействует 30 методистских церквей, которые объединяют 1137 верующих. В церкви служит 30 священнослужителей.
Конгрегационалисты входят в Союз Евангелическо-Конгрегационалистских Церквей, который в свою очередь является частью Всемирного Сообщества Реформатских Церквей и Всемирного Евангелическо-Конгрегационалистского Содружества. Союз не входит в сообщество церквей, подписавших Лейенбергское соглашение, но как член ВСРЦ, находится в диалоге с лютеранами. В Союз входят около 40 церквей, объединяющих около 5000 верующих. В них служат 12 пасторов, 5 проповедников и 15 волонтеров.
Кроме того, в Бургасе находится Пресвитерианская Реформатская Церковь, входящая в Сообщество Реформатских Евангелических Церквей, объединения украинские общины которого находятся в тесном общении с НЕЛЦУ.
Собственно лютеранство в Болгарии представлено ультраконсервативной Болгарской Лютеранской Церковью, основанной миссионерами Висконсинского Евангелическо-Лютеранского Синода (США). БЛЦ развернула широкую миссионерскую и диаконическую деятельность, в том числе среди болгарских ромов. На 2016 год в ее состав входили 4 общины: 2 в Софии, по одной в Варне и в ромском поселке Дунавцы, и несколько миссионерских станций. В церкви служат шесть местных пасторов.
Кроме того, в Болгарии, в основном на западе страны, действует лютеранская миссия Helping Hands, связанная с американской организацией Лютеране за Жизнь. Она оказывает помощь детским домам, домам престарелых и бедным семьям в горных районах, а также распространяет христианскую литературу и организовывает библейские группы.