Як і інші країни Балканського півострова, Болгарія, яка перебувала під владою Османської імперії до 1878 року, опинилася осторонь від процесів Реформації. В історії збереглася згадка лише про одоного болгарина, який прийняв протестантизм в цю епоху. Ним став Дімітар Мізец – болгарський вчений, що народився близько 1518 року. Він говорив на декількох мовах і служив секретарем Константинопольського Патріарха Іоасафа II. Патріарх направив його в Віттенберг, щоб з перших рук дізнатися, що таке протестантизм, але, Дімітар Мізец прийняв реформаторське вчення і став переконаним протестантом. Природньо, після цього він покинув служіння при патріархові. Збереглися відомості, що Дімітар Мізец особисто зустрічався і вів переговори з імператором Максиміліаном II про військову допомогу на Балканах в боротьбі з турками-османами.
У XVI столітті кілька болгар переселилися до Трансільванії, де вони з часом перейшли в лютеранство під впливом місцевих німців. Відомо, що болгари були членами лютеранських парафій в селах Чергеу-Маре, Чергеу-Мік, Русчорі і Бунгард. До середини ХХ століття більшість з них втратило етнічну ідентичність і на появу лютеранства на території Болгарії ці громади не вплинули.
Початок протестантської діяльності в Болгарії відноситься до 1857 року, коли в Болгарію прибули американські місіонери Уеслі Претіман, Альберт Лонг, Сайрус Хемлін і Чарльз Морс. Їх намір полягав в тому, щоб допомогти Православної Церкви просвіщати болгарський народ про істини Святого Письма, інтегрувати його в європейську культуру і поширювати Євангелія болгарською мовою, тобто допомогти Болгарії пройти свій шлях Реформації. Але ця ініціатива не знайшла розуміння в середовищі православного духовенства, і місіонерам довелося створювати незалежні болгарські протестантські церковні громади.
Методистські місіонери діяли в основному на півночі Болгарії, а конгрегаціоналістскі – на півдні. Ці дві пієтистські протестантські течії вийшли з Церкви Англії, а потім поширилися в США та інших країнах. Болгарські протестанти пережили серйозні гоніння комуністичного режиму, але зуміли зберегти свою віру і почати активну місію після його падіння.
Болгарські методисти входять до Центральної конференцію Центральної і Південної Європи Об’єднаної Методистської Церкви. Ця конференція знаходиться в спілкуванні з лютеранами і реформатами Європи, які підписали Лейенберзьку угоду. У Болгарії діє 30 методистських церков, які об’єднують 1137 віруючих. У церкві служить 30 священнослужителів.
Конгрегаціоналісти входять в Союз Євангельських Конгрегаціоналістських Церков, який в свою чергу є частиною Всесвітнього Товариства Реформатських Церков і Всесвітнього Євангелічно-Конгрегаціоналістської Співдружності. Союз не входить в співтовариство церков, які підписали Лейенберзьку угоду, але як член ВСРЦ, Союз знаходиться в діалозі з лютеранами. У Союз входять близько 40 церков, які об’єднують близько 5000 віруючих. У них служать 12 пасторів, 5 проповідників і 15 волонтерів.
Крім того, в Бургасі знаходиться Пресвітеріанська Реформатська Церква, що входить до Спільноти Реформатських Євангелічних Церков, об’єднання, українські громади якого знаходяться в тісному спілкуванні з НЄЛЦУ.
Власне лютеранство в Болгарії представлено ультраконсервативною Болгарською Лютеранською Церквою, заснованої місіонерами Вісконсинського Євангелічно-Лютеранського Синоду (США). БЛЦ розгорнула широку місіонерську і дияконічну діяльність, в тому числі серед болгарських ромів. На 2016 рік до її складу входили 4 громади: 2 в Софії, по одній у Варні та в ромському селищі Дунавцях, і кілька місіонерських станцій. У церкві служать шість місцевих пасторів.
Крім того, в Болгарії, в основному на заході країни, діє лютеранська місія Helping Hands, яка пов’язана з американською організацією Лютерани за Життя. Вона надає допомогу дитячим будинкам, будинкам престарілих і бідним сім’ям в гірських районах, а крім того поширює християнську літературу і організовує біблійні групи.