За часів Реформації більша частина сучасної Греції та земель, населених етнічними греками, перебувала під владою Османської імперії. Центром духовного життя народу продовжував залишатися Константинополь, де знаходилась кафедра православного патріарха. Прагнучи встановити контакти з грецькими християнами, частина реформаторів, насамперед найближчий сподвижник Лютера Філіп Меланхтон, розпочали листування з Константинопольським патріархом Йосафом II. Меланхтон надіслав йому текст Аугсбурзького віросповідання та особистий лист, але відповіді на нього не було, можливо тому, що греки не хотіли псувати стосунки з лютеранами.
Другу спробу зв’язатись вже з іншим патріархом, Ієремією II, зробили богослови з міста Тюбінген. Аугсбурзьке віросповідання, яке вони знову надіслали в Константинополь, було розкритиковане грецькими богословами. Відповідь патріарха Єремії II на Аугсбурзьке віросповідання, написана в 1576 році, стала першим і одним з найважливіших документів лютерансько-православного діалогу. Листування між Тюбінгеном і Константинополем не призвело до зближення, і дві церкви залишилися на своїх позиціях.
Найвідомішим греком, який прийняв, хоч і ненадовго, лютеранство, був найманець і авантюрист Якоб Гераклід. Він народився на острові Мальта в католицькій сім’ї, подорожував Європою, здобуваючи освіту в різних університетах. У 1556 Гераклід опинився у Віттенберзі, де прийняв лютеранство. Він справив враження на Меланхтона, який описував його як «чесну і ерудовану людину». Пізніше він опинився в Польщі, де намагався об’єднати розпорошені протестантські церкви, внаслідок чого перейшов спочатку до кальвінізму, а потім і до антитринітаріанства. У 1561 році він, в результаті політичної авантюри, захопив владу над Молдавським князівством, але вже за два роки був скинутий з престолу та вбитий, отримавши від молдаван прізвисько «Деспот Воде».
Після тривалих століть Османського панування та кровопролитної війни за незалежність, у 1832 році було створено Грецьке королівство, зі столицею в Афінах. Королем був обраний принц Баварського королівського будинку Оттон, чиєю дружиною була Амалія Ольденбурзька, яка продовжувала сповідувати лютеранство за чоловіка-католика, що всім було відомо. Подружжя залучило до Греції інших німців, і в 1837 році, в Афінах, було засновано першу німецькомовну лютеранську церкву. Оттон і Амалія не мали дітей, через що вибухнула династична криза, в результаті якої новим королем Греції в 1863 став Георг I з датської гілки династії Глюксбургів. Він також до кінця життя приватно сповідував лютеранство, хоча був одружений з Ольгою Костянтинівною Романовою, онукою Російського імператора Миколи I, а їхній син, король Костянтин I, вже був вихований у православній вірі.
У 1895 році в Салоніках було відкрито другу лютеранську церкву в Греції. Церкви в Афінах і Салоніках, а також церкви, що відкрилися вже в ХХ столітті, на Родосі та Криті зараз складають Німецькомовну Євангелічну Церкву Греції. Церква є об’єднаною, тобто служить як лютеранам, так і реформатам. В Афінах знаходиться громада Церкви Швеції, а також міжконфесійні англомовні Міжнародна церква Святого Андрія та Міжнародна християнська спільнота, які пов’язані з Євангелічно-Лютеранською Церквою Америки.
Серед власне греків лютеранство широкого поширення не набуло, на відміну від пресвітеріанства, яке у ХІХ столітті почали проповідувати місіонери грецького походження на Балканах та в Малій Азії. На сьогоднішній день Грецька Євангелічна Церква налічує 30 громад та 5000 осіб. Вона входить у Лейєнберзьку угоду і має спільне причастя з лютеранськими церквами Європи.